L'AJEF a pour but général de défendre les intérêts des propriétaires de forêts qui sont membres de l'association. Pour y parvenir, elle encourage le développement d'une économie forestière durable du point de vue économique, écologique et social.
promotion de l'écoulement du bois (voir « Centrale de vente »)
accroissement des performances (développement de règlements-type dans la branche ; organisation et contribution à la formation continue du personnel forestier ; contribution à la formation des apprentis ; développement et suivi des outils informatiques nécessaires au travail du garde ; etc.)
information (information sur le marché des bois ; établissement d'une Recommandation de prix d'entente avec les scieurs ; abonnement à la revue "La Forêt" ; information sur des thèmes de politique forestière et autres (certification, RPLP, …))
politique forestière (contacts fréquents avec les milieux politiques, le département, l'office cantonal, les autres associations professionnelles au Jura et les associations des autres cantons ; représentations et prises de position au sein d'organisations ou de commissions cantonales ou nationales ; etc.)